Smit-McPhee dilahirkan pada 13 Jun 1996 di Adelaide, Australia Selatan, anak kepada Sonja Smit dan Andy McPhee. Bapanya adalah seorang pelakon dan bekas ahli gusti profesional. Kakaknya ialah pelakon dan penyanyi Sianoa Smit-McPhee.[1][2]

Pada usia 16 tahun, Smit-McPhee telah didiagnosis dengan ankylosing spondylitis, satu bentuk degeneratif arthritis yang menyebabkan vertebra di tulang belakang bersatu dan boleh menyebabkan sakit kronik dan kehilangan penglihatan. Semasa penggambaran filem The Power of the Dog, penglihatannya cacat di mata kirinya akibat katarak yang teruk berkaitan keadaannya.